No anime, a arte é mais "limpa" e afiada que a do mangá. Por exemplo, os olhos no mangá consistem de linhas cruzadas e tons texturizados, ao contrário da versão mais limpa do anime.

O mangá usa cores mais suaves, quase pastéis, para as ilustrações. A coloração usada no anime é muito mais "dura" e facilmente distinguível, enquanto que as ilustrações em cores para o mangá usa sombreamentos e uma mistura de cores.

Alguns detalhes que estão no mangá não foram incluídos no anime. O mais notável são as extremidades dos vestidos das bonecas: no anime, o laço extra foi tirado e substituído por pontas normais.

A roupa de Kirakishou é descrita como de um branco puro no mangá, mas é rosado no anime.

Enquanto que a primeira temporada retrata Shinku como alguém extremamente sério e requintado, no mangá ela frequentemente é mostrada em situações comprometedoras e estranhas usando uma versão simplificada de sua face.

No anime, o mestre de Sousei Seki é mostrado como um senhor de idade, o qual usa ela como uma 'substituição' para seu filho morto. No mangá, o mestre de Sousei Seki é completamente diferente: ele é rico e influente, e usa ela para um fim diferente: se vingar da garota que casou com seu irmão, levando à morte do irmão.

No primeiro episódio do anime, e o primeiro capítulo do mangá, Suigin Tou manda um boneco para matar Jun quando Shinku desperta. No anime, é um boneco de um palhaço, mas no mangá é um urso de pelúcia chamado "Bu Bear" (クマのブさん)ou "Urso Booh", possivelmente uma referência ao Urso Pooh.

No mangá, Suigin Tou rasga o urso depois que ele falha em sua missão, mas deixa os restos no quarto de Jun. No anime, o palhaço é rasgado depois de ser acertado pelas penas dos ataques de Suigin Tou enquanto protege Shinku. Nos dois casos, Jun consegue consertar os bonecos.

Barasuishou, Enju, the Shibasakis, Shirosaki, Sarah e Yamamoto-kun não existem no mangá.

No mangá, Jun se afasta da escola por causa da humilhação de todos descobrirem em uma reunião que ele gosta de fazer design de roupas femininas. Isto é totalmente diferente do anime. No anime, Jun se afasta depois que todos na sala começam a discutir pelas costas dele como ele falhou em um teste - Mais provavelmente, um teste de entrada para um ginásio muito competido. Isso se tornou em uma experiência traumática para Jun porque ele antes era tido como um gênio na escola.

Hina Ichigo esgota seu poder depois que o Pai corta sua ligação espiritual no anime. No mangá, seu corpo é tomado por Kirakishou, a qual de outra forma não teria manifestação física, no Campo N. Nas duas versões, Shinku pega sua Rosa Mystica.

No mangá, Suigin Tou rouba a Rosa Mystica de Sousei Seki depois que ela sacrifica a si mesma pelo seu mestre. No anime, Suigin Tou ganha a Rosa Mystica depois de lutar com Sousei Seki.